בארץ לאל ניניו ישנה השפעה עקיפה דווקא על הקיץ

כפי שכבר נכתב פה, אל ניניו משפיע על דפוסי מזג האוויר באוקיינוס השקט, ובמידה רבה גם באוקיינוס ההודי. מכיוון שאנו שוכנים לחופו של הים התיכון הקטן והסגור, ומערכות מזג האוויר בחורף מגיעות אלינו ממערב ומצפון, לאל ניניו אין השפעה ישירה על החורף בארץ.
עם זאת, מכיוון שזאת תופעה עצומה בשטחה, היא גורמת לשיבושים במערכות מזג האוויר בכל העולם, כולל גם בזרמי הסילון הסובטרופי והפולרי, ומכאן ההשפעה הצפויה על החורף בישראל. כפי שמטאורולוג אמריקאי אמר "כשנע חלק אחד של האטמוספירה, חוטף חלק אחר שלה את הבעיטה". הבעיה היא, שמכיוון שקיימים כל כך הרבה משתנים, שחלקם לא קשורים לאל ניניו, ובכל מקרה קשה לדעת כיצד יגיבו לשינויים, לא ניתן לדעת כיצד ייראה החורף הקרוב בישראל.

עם זאת, אל ניניו גורם בדרך כלל להחלשות המונסון ההודי, ובכל גם לאפיק פרסי חלש מהרגיל. לכן, בדרך כלל, בשנת אל ניניו הקיץ פחות יציב, ומרובים בו גלי החום והשרבים.